2013年3月《国务院机构改革和职能转变方案》出台，明确提出了“整合城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗的职责等，分别由一个部门承担，”，但至今为止，医保管理权究竟花落人保部还是国家卫生计生委仍无定论。

6月18日，国家卫生计生委“三定方案”公布，卫计委新增的21个内设机构中，并没有关于医保基金管理的部门。尽管国务院办公厅印发了《国家卫生和计划生育委员会主要职责内设机构和人员编制规定》，对其分社各个司局的设置和职能及人员编制进行了详细说明，但方案对新农合的管理职责未做明确说明。

之后国家卫生计生委网站发布《国家卫生计生委“三定”规定答问》（以下简称“三定规定答问”）进行了解释。

首先，“三定规定答问”对新农合给与了充分肯定，新农合制度实施10年来，筹资水平从人均30元逐步提高到300多元，实际报销比例从＜20%提高到55%，县、乡级医疗机构实际报销比例分别达到了62%和77%，2012年参合率达到98%，已惠及8亿多农民，受到农民群众的由衷支持和欢迎，也成为国际公认的绩效最高的基本医保制度之一。

其次，对于医保整合去向，“三定规定答问”指出，目前，有关部门正在多方听取意见，审慎研究。具体管理体制问题不在本次‘三定’范围内，将另行规定。在管理体制明确前，国家卫生计生委继续承担新农合管理职责。

在业内人士看来，医保由人保部门管理更加合理。而劳动和社会保障研究中心主任张车伟认为，卫生行政部门与公立医院存在利益联系，如果医保交由卫生部门管理，并不利于监督。“卫生部门负责医疗服务的监管，人保部门负责医保基金的管理，可以有效监督资金以维护参保人的权益，推动医疗服务质量的改善。”对外经贸大学保险法研究中心主任王国军建议，未来两部门应相互制衡，信息共享，使医保基金的使用更加公开透明。